Obszar Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej, jak już wcześniej wspomniano, swą odrębność krajobrazową i przyrodniczą zawdzięcza przede wszystkim występującym tu procesom krasowym. Wpłynęły one na duże zróżnicowanie warunków siedliskowych, a następnie na rozwój flory i fauny bardzo odmiennej od spotykanych w pozostałych częściach kraju. Szata roślinna, z powodu niezwykle zróżnicowanej rzeźby terenu, mikroklimatu i rodzaju gleb, jest najbogatsza w części Wyżyny Olkuskiej, gdzie głównie powinni się kierować turyści-przyrodnicy. Lasy na Wyżynie są już niestety mocno przetrzebione. Zachowały się przede wszystkim w miejscach nie nadających się pod uprawę, a więc np. na zboczach skalistych dolin. Na Wyżynie Krakowskiej dominują lasy mieszane, o przewadze jodły i buka. Zdarzają się również, głównie na piaskach, bory sosnowe. Typowe dla tego obszaru są wielogatunkowe lasy liściaste, bogate w graby, lipy łub dęby. Najciekawsze jest jednak występowanie tu reliktowych lasów górskich, do których zaliczyć należy las jaworowy, rosnący dziś tylko w Ojcowie, a także zespoły buczyny karpackiej. Buczyna karpacka pokrywa wyłącznie część Wyżyny Olkuskiej, głównie dolinki i Garb Tenczyński. Typowe dla niej rośliny runa to: żywiec gruczołowaty, lepiężnik biały, przełącznik górski, parzydło leśne, paprotnik kolczysty czy to¬jad mołdawski. Na Wyżynie Częstochowskiej najczęściej spotykanymi lasami są bory sosnowe porastające piaski. Tutaj buczyna karpacka nie występuje, jej miejsce zajęła buczyna sudecka ze znacznie częstszym niż na południu żywcem dziewięciolistnym i cebulkowym w runie. Rzadziej też spotyka się tu lasy grądowe. Obszar Jury Krakowsko-Częstochowskiej jest szczególnie bogaty w okazy roślin górskich. Nie występują one równomiernie na całym obszarze — najwięcej jest ich w części południowej.