Wyżyna Wieluńska i zachodnia część Wyżyny Częstochowskiej leży w dorzeczu Odry, do której wpada wypływająca z okolic Kromołowa Warta. Pozostałe rzeki jurajskie, takie jak Pilica, Przemsza, Prądnik, Rudawa, wpadają do Wisły. Wiele wód powierzchniowych ginie pod ziemią w ponormach (lejach krasowych), by wypłynąć ponownie w pewnej odległości w postaci źródła krasowego (wywierzysko). Wyżyna Krakowsko-Częstochowska nie należy do obszarów zasobnych w wodę. Jeszcze do niedawna, jedna lub dwie, głębokie na kilkadziesiąt metrów studnie, zasilały całe wsie, obecnie już prawie wszystkie osiedla posiadają wodociągi. Na obszarze Jury utworzono kilka zbiorników wodnych: w Zaborzu koło Poraja, między Częstochową a Olsztynem, w Kostkowicach, Kroczycach, Przyłubsku, na Krępie koło Ogrodzieńca, w Pilicy, Siamoszycach, Przeczycach. Oprócz znaczenia gospodarczego pełnią one także rolę obiektów rekreacyjnych.
